وجاء قرار هولدر ليعكس عزم واشنطن السير في خيار إجراء محاكمة عسكرية للمجموعة، وذلك في تراجع للإدارة الأمريكية عن وعودها السابقة بإجراء محاكمة مدنية للمجموعة، وإن كان هولدر قد انتقد إجهاض محاولاته لأخذ الملف إلى القضاء المدني.
وقال هولدر إن الملف المعد في القضية هو "أقوى ملف شاهده في حياته" لجهة دقة المعلومات والأدلة.
وستشمل المحاكمات خمسة أشخاص سيمثلون أمام لجنة قضائية عسكرية بتهمة المشاركة في الهجمات التي وقعت عام 2011 وهم، إلى جانب شيخ محمد، كل من رمزي بن الشيبة ووليد بن عطاش وعلي عبدالعزيز علي ومصطفى أحمد الحوسوي، وكلهم خلف القضبان حالياً.
يشار إلى أن هولدر سبق له أن تعهد بأن تقوم النيابة العامة الأمريكية بطلب إنزال حكم الإعدام بأفراد المجموعة.
وكان هولدر قد أعلن في نوفمبر/تشرين الثاني 2009 أنه يفضل ملاحقة شيخ محمد ومن معه أمام القضاء المدني، ولكن إدارة مدينة نيويورك (التي كان يفترض أن تجري فيها المحاكمة) ودوائر الأمن فيها احتجت، مشيرة إلى أن تكلفة تأمين منطقة منهاتن التي تقع فيها المحكمة قد تصل إلى 200 مليون دولار سنوياً.
كما رفض عدد كبير من السياسيين الأمريكيين حصول شيخ محمد على محاكمة مدنية قد تمنحه مزايا قانونية ودستورية غير متوفرة بالنسبة للمتهمين الماثلين أمام القضاء العسكري، وقد وصل الضغط في هذا الإطار إلى نقطة هدد فيها نواب بالكونغرس بوقف تمويل مشروع إغلاق معتقل غوانتانامو إن جرت محاكمة القيادي "القاعدي" مدنياً.
وبالنسبة إلى مطالبة هولدر بإعدام القياديين في القاعدة، فقد سبق لزعيم التنظيم، أسامة بن لادن، أن رد مهدداً بإعدام الأمريكيين الذين قد يسقطون في قبضة التنظيم مستقبلاً، إن أقدمت واشنطن على إعدام خالد شيخ محمد.