قال الدكتور هشام قنديل وزير الموارد المائية والرى إنه من المنتظر أن يتم إعفاء مصر والسودان من تسديد غرامة تعطيل توقف العمل بمشروع قناة "جونجلى" الذى تنفذه شركة فرنسية لاستغلالمياه النيل فى دولة جنوب السودان، وذلك بمساعدة المجتمع الدولى خاصة بعد الانفصال وتقدر الغرامة بنحو 17.5 مليون جنيه تم سداد 7.5 مليون جنيه منها بالتنسيق مع السودان.
وكانت مصر قد بدأت فى عام 1975 بحفر قناة جونجلى لتوفير ما يقرب من 7 مليارات متر مكعب من مياه النيل الأبيض التى تضيع سنويا فى مستنقعات جنوب السودان إلى جانب تجفيف مليون ونصف فدان من المستنقعات التى تصلح للزراعة، ويقسم هذا مناصفة بين مصر والسودان، إلا أن حركة التمرد فى جنوب السودان هاجمت المشروع،
حيث تم الاعتداء على المهندسين المصريين وإحراق حفار المشروع بعد أن تم تنفيذ نحو 70% منها بطول 265 كيلومترا من إجمالى طول القناة البالغ 360 كيلومترا.
وبحسب الخبراء فإنه لابد حالياً من ضرورة استكمال المشروع بعد انفصال الجنوب الذى هو فى حاجة ماسة لتجفيف المستنقعات وتوفير مساحات كبيرة من الأراضى لزراعتها بما يخدم الاقتصاد.