وقرر القضاء العسكرى إعادة إجراءات محاكمته من جديد أمام المحكمة العسكرية العليا.
وكان الظواهرى قد أحيل للمحكمة العسكرية العليا ضمن مجموعة من المتهمين، حيث نسب إليهما الانضمام إلى تنظيم القاعدة، والاتفاق الجنائى على ارتكاب أفعال تنطوى على القيام بأفعال إرهابية.
وقد اخلى سبيل محمد الظواهرى من محبسه بعد ثورة يناير، بعد أن كان قد تم اعتقاله لفترة من الوقت، ثم أعيد احتجازه مجددا بعدما تبين صدور حكم غيابى عليه بالإعدام عام 1998 فتقدمت هيئة الدفاع عنه بطعن فى ضوء التعديلات التى أجريت والتى تم بموجبها السماح لمن صدرت ضدهم أحكام بالطعن عليها أمام إدارة الطعون العسكرية، والتى قررت بدورها إعادة محاكمته من جديد أمام المحكمة العسكرية العليا.